ぬくもりすきーでのユーザーの書き込みを確認できる範囲で確認しましたが不審な書き込みはなく、またAIの手を借りつつログを見ましたがSSHへの侵入はありませんでした。
そこから原因としてブログとWebサービスおよびMisskeyを鯖内に共存させる為にnginx proxy managerをDockerでnginxの代わりに導入して脆弱性を突かれたからだと考えています。
調べてみるとバージョンが古いもの（2.11.3）だったので可能性としてはこれが一番高いと思います。
https://nginxproxymanager.com/

CuteBarn @CuteBarn · 3日前

追記ですが、オープンポートからでもDBには接続できませんでした。確かにdefault.ymlには触れましたが。