動画のアップロードに関して「URLを入力してインポート」機能が使えなくなってしまったのは仕様でしょうか？

はい。
一時期は使えるようにしていましたがPeertubeにおいて推奨できない設定である為、インスタンスの安全性の観点からオフにしています。

安全性の観点なら仕方ないのですが動画を上げようとすると「動画ファイルは大きすぎます。」というエラーが出てしまいます。
自分が上げているのはほぼ本編なので動画時間が長いからという原因も考えられますが、他ユーザーは1時間超えの動画も上げられるらしくエラーも出ていないみたいです。

他の方がアップされた動画一覧を見ると3GBの動画がアップされていたりもするので、この情報だけで何が原因なのか特定するのは困難です。
少なくともアップしたい動画のサイズや拡張子といった情報が無いと何とも言えません。

ただこの原因がPeertube本体の不具合でしたら本日にPeertubeのバージョンを最新版にアップデートしたので、再アップしたらいけるかもしれません。

mp4ファイルで2GB以下のサイズです
ちなみにPeertubeアップデート後でもエラーが出ますね

なるほど。
試験的にそちらの1日あたりの動画アップロード制限を上げてみました。
アップロードを試してみて、ダメだったら1度上げるファイルのファイル名を変更して再アップしてみてください（以前同じファイル名で上げ直すとアップロードできない不具合があった為）

ファイル名を変更してもエラーが出てしまいますね

動画のインポートを許可してみました。
そして質問ですが他の同様の動画ファイル、サイズや拡張子が似たような動画はそのままアップロードできますか？

インポート機能使えるようにしていただきありがとうございます
ちなみにwmvやmpgやaviファイルも上げてみたのですがほぼアップロードできなかったです

分かりました。
Githubで開発者にIssueを投げたいので、お使いのPC環境をできるだけ教えてください。